подал на независимую экспертизу после дтп противоположная сторона (приглашал)не приехала.это повлияет в суде?

конечно повлияет, суд сочтет ответчика легомысленно относящимся к делу и это будет не в его пользу

если приглашение было официальным- вам на суде +

Если признаны в ДТП вы не виновный то не имеет значение участвовал ответчик или нет в независимой экспертизе.

не повлияет.