Имеют ли право работники ЖЭС отказывать в опломбировке счётчиков на воду на основании имеющегося долга по квартплате?

Нет, не имеет. Он обязан вам опечатать счетчики. А ваш долг вам необходимо погасить.

Долги взыскиваются через суд. Опломбировать обязаны. Пишите жалобу в прокуратуру и роспотребнадзор с просьбой привлечь председателя по ст. 14.8 КОАП РФ

ДЕЗ (ЖЭС как Вы его называете) не вправе Вам опломбировывать счетчики, для этого существуют фирмы, которые имеют лицензию на установку счетчиков. Вам необходимо найти в интернете любую фирму(Мультисистема, Водоучет, Ир сервис...) позвонить им. Они опломбируют Ваши счетчики, выдадут Вам целыйпакет документов: акт ввода ИПУ в эксплуатацию,акт на ТО счетчика... с этими документами Вам необходимо явиться в ГУ ИС, чтобы их поставили на учет и начисления производили по Вашем показаниям, которые Вы должны будите предоставлять ежемесячно: сами вносить через интернет или позвонив телефону в ГУ ИС Вашего района.